Dans les dernières décennies du dix-huitième siècle, la République fut le théâtre de troubles politiques, de la montée de mouvements démocratiques et d’une rébellion croissante contre le stathouder Guillaume V. Nimègue était restée particulièrement calme durant ces années. Pourtant, beaucoup de Nimègois saluèrent la venue des révolutionnaires bataves et français en 1794. Le 30 novembre, ils dansèrent comme un seul homme autour de l’arbre de liberté planté sur le Grote Markt. Mais la joie s’estompa rapidement. A Nimègue comme dans tout le pays, l’époque batavo-française fut synonyme de confusion et d’agitation. Les changements de régime et les nouvelles réglementations, souvent imposés depuis la France, se succédaient à grande vitesse. Dans le tumulte, Nimègue perdit son avantage sur les autres villes gueldroises. Elle fut notamment privée de sa présidence permanente du Quartier de Nimègue et du Landdag gueldrois, l’assemblée réunissant les quatre Quartiers. De 1798 à 1801, Nimègue n’appartenait plus à la Gueldre mais au département du Dommel, avec Bois-le-Duc comme capitale. Et de 1810 à 1814, la ville fut même intégrée à l’empire français – tout comme le reste du pays au sud des grands fleuves.
A l’époque batavo-française, Nimègue eut beaucoup à endurer de la présence des divisions françaises (six mille soldats sur une population de douze mille), qui exigeaient de grandes quantités de nourriture, de vêtements et de matériel. L’introduction du service obligatoire entacha également l’image de l’administration française. Le commerce et l’industrie étaient en crise, tout comme les finances de la ville. Naturellement, l’époque batavo-française n’apporta pas que des misères. Une interdiction française de commerce avec l’Angleterre engendra une contrebande florissante par le Waal. Dans tout le pays, de nouvelles réglementations émergèrent dans de nombreux domaines, notamment l’enseignement, les impôts, la santé, la construction des routes, la gestion de l’eau et la justice. Pour son développement futur, la ville pouvait tirer profit de certains principes et droits fondamentaux tels que l’unité étatique, l’égalité devant la loi, la séparation de l’église et de l’état et celle de l’administration et de la justice.
Mais au bout du compte, Nimègue ne pleura pas lorsque les Français s’éclipsèrent à l’aube du 5 janvier 1814. L’euphorie de la danse autour de l’arbre de liberté avait disparu depuis longtemps; en septembre 1799 déjà, cet arbre du Grote Markt avait été abattu par des inconnus.
