In de laatste decennia van de achttiende eeuw was de Republiek het toneel van politieke onrust, opkomende democratische bewegingen en groeiend verzet tegen stadhouder Willem V. In Nijmegen was het in die jaren opvallend rustig gebleven. Toch verwelkomden ook veel Nijmegenaren in 1794 de revolutionaire Bataafse en Franse soldaten. Op 30 november dansten zij eendrachtig rond de vrijheidsboom die op de Grote Markt was geplant. Maar de vreugde was van korte duur. De Bataafs-Franse tijd was in heel Nederland, en ook in Nijmegen, een uiterst verwarrende en roerige periode. Bestuurswisselingen en nieuwe staatsregelingen, vaak opgelegd vanuit Frankrijk, volgden elkaar in hoog tempo op. In het gedrang verloor Nijmegen zijn vroegere voorrangsrecht boven de andere Gelderse steden. Zo werd de stad het permanente voorzitterschap ontnomen van het Kwartier van Nijmegen en van de Gelderse Landdag, de vergadering van de vier Kwartieren. Van 1798 tot 1801 was Nijmegen geen onderdeel van Gelderland, maar van het departement van de Dommel, met Den Bosch als hoofdstad. En tussen 1810 en 1814 was de stad zelfs ingedeeld bij het Franse keizerrijk – net als al het overige land bezuiden de grote rivieren.
Nijmegen had in de Bataafs-Franse tijd veel te lijden van de inkwartiering van Franse legereenheden (zesduizend soldaten op een bevolking van twaalfduizend), die grote hoeveelheden voedsel, kleding en materialen eisten. Ook de invoering van de dienstplicht maakte het Franse bestuur ongeliefd. Handel en nijverheid verkeerden in een crisis, de stadsfinanciën in een belabberde toestand.
Natuurlijk bracht de Bataafs-Franse tijd niet alleen kommer en kwel. Een Frans verbod op handel met Engeland deed in Nijmegen de smokkel over de Waal enige tijd opbloeien. Landelijk ontstond wetgeving op velerlei gebied, zoals onderwijs, belastingen, gezondheidszorg, wegenaanleg, waterstaat en rechtspraak. Voor de latere ontwikkeling van de stad was het positief dat bepaalde principes en grondrechten werden vastgelegd, zoals staatseenheid, gelijkheid van iedereen voor de wet, scheiding van kerk en staat en scheiding van bestuur en rechtspraak.
Maar al met al treurde Nijmegen niet toen de Fransen op de vroege ochtend van 5 januari 1814 met stille trom vertrokken. De euforie van de dans rond de vrijheidsboom was toen allang verdwenen; in september 1799 was die boom op de Grote Markt ’s nachts door onbekenden omgehakt.