Rond 1850 was de zorg voor zieken nog vooral in handen van familieleden, soms bijgestaan door een chirurgijn of arts; ziekenhuizen waren er niet. Initiatieven vanuit de kerkelijke organisaties in Nijmegen brachten daar verandering in. Om te beginnen stichtte een aantal leden van de Nederlands Hervormde Gemeente in 1848 de Vereniging tot Patronaat over de Armen, die al spoedig voorzien werd van een speciale commissie tot oprichting van een ziekenhuis. In september 1850 kwamen in een huis aan de Jodenberg twintig bedden beschikbaar voor de verzorging van zieken, zij het in tamelijk primitieve omstandigheden. Professioneler ging het eraan toe in de opvolger van dit ziekenhuis: het protestantse Wilhelminaziekenhuis aan de Spaarbankstraat, de huidige Claas Noorduynstraat, dat in 1895 geopend werd door de Vereniging Het Protestantsch Ziekenhuis te Nijmegen. Ook de katholieken lieten zich niet onbetuigd. In 1850 openden zij een klein ziekenhuis in de Pauwelstraat, dat al snel verplaatst werd naar de Doddendaal. Nadat met collectes aan huis, schenkingen en leningen f90.000 was ingezameld, kon in 1866 het Canisiusziekenhuis aan de Houtstraat worden geopend. Zusters van Liefde uit Tilburg verleenden hun diensten bij de verpleging.
Besmettelijke ziekten waren een groot probleem voor de gezondheid van de Nijmegenaren. Cholera deed zich regelmatig voor, terwijl ook de pokken veel gevaar opleverden. Een grote medische verbetering was de Wet op de besmettelijke ziekten van 1872, waardoor pokkeninenting voor schoolkinderen verplicht werd. De gebrekkige openbare hygiëne in de stad – smerige open riolen, mesthopen, ratten en slecht water – verbeterde vanaf de jaren zeventig. De gemeentelijke reinigingsdienst werd uitgebreid en in 1879 kwam het eerste overdekte riool tot stand. Drie jaar later startte een gemeentelijke ontsmettingsdienst. Ondanks hoge kosten bouwde de stad eind jaren zeventig een waterpompstation aan de Nieuwe Marktstraat en werd een begin gemaakt met de aanleg van een waterleiding. Het verbruik van water steeg explosief: van ruim 200.000 kubieke meter in 1880 naar ruim één miljoen kubieke meter in 1900.
Het effect van de bestrijding van besmettelijke ziekten, de toegenomen stedelijke hygiëne, de betere kwaliteit van het drinkwater en ook de langzaam verbeterende kwaliteit van woningen was voor iedereen waarneembaar in de daling van de zuigelingensterfte. Ondanks het gebruik van vaak onhygiënische flessenvoeding, daalde die tussen 1870 en 1890 met ruim een derde.