Het proces van vernedering en isolering van de Joden begon in de herfst van 1940, toen twaalf Joodse Nijmegenaren uit de overheidsdienst werden ontslagen. De bezetter vaardigde vervolgens een reeks kleinere en grotere discriminerende maatregelen uit, culminerend in deportaties die in het najaar van 1942 begonnen. De grootste razzia’s hadden plaats op 2 oktober en in de nacht van 17 op 18 november 1942. Er werden toen enkele honderden Joden opgepakt. De Nijmeegse politie kende enkele beruchte collaborateurs onder haar personeel, maar het lijdt geen twijfel dat ook onder de burgerij gruwelijk verraad was gepleegd, onder meer door het aangeven van Joodse medeburgers.
De maagdelijke muren van de fraaie synagoge aan de Gerard Noodtstraat, teken van bloei van de lokale Joodse burgerij, waren in 1941 geschonden met een vlekkerig hakenkruis en teksten als ‘Judas vrek’ en ‘Judas stik’. Tekenen van hard, racistisch antisemitisme. Het merendeel van de Nijmeegse Joden was al voor 1 januari 1943 weggevoerd. Nog geen negentig Nijmeegse Joden overleefden de oorlog, uit de vernietigingskampen keerde slechts een dertiental na 1945 terug. Opmerkelijk genoeg is er nog altijd weinig gepubliceerd over de precieze toedracht van de Jodenvervolging in Nijmegen – alsof in de stad nog steeds gêne heerst over die zwarte bladzijde in haar geschiedenis.
In de eerste jaren van de bezetting was in Nijmegen vooral sprake van lijdzaam verzet. Zo hielden bijvoorbeeld De Gelderlander en de Openbare Leeszaal de ruggen recht toen zij onder gezag van de nationaal-socialisten dreigden te komen. Datzelfde deed de leiding van De Klokkenberg, die in augustus 1941 weigerde om aantallen en namen van Joodse leerlingen aan de autoriteiten door te geven – de school had overigens geen Joodse leerlingen. En de Senaat van de Katholieke Universiteit weigerde om even principiële redenen de studenten een ‘loyaliteitsverklaring’ jegens de bezetter voor te leggen, met als gevolg dat de universiteit uit lijfsbehoud zelf in april 1943 haar poorten sloot; het gros van de studenten moest onderduiken.
Toen gaandeweg de oorlog de maatregelen sterker ingrepen in het dagelijks leven – de wegvoering van de Joodse gemeenschap, de maatregelen tegen de studenten en de arbeidsinzet (verplichte tewerkstelling door de bezetter) – groeide ook de weerstand tegen het vreemde regime en ontstonden in Nijmegen verzetsgroepen als Poelen, Hogerhand, Natura, Oranjewacht, de Pandoerenclub en Fredericks. Op 8 juli 1943 werd de Nijmeegse politiecommissaris A.J.M. van Dijk, een berucht collaborateur, op klaarlichte dag neergeschoten door Henk Romeyn, een koerier van de Geheime Dienst Nederland. Van Dijk zou later bezwijken aan zijn verwondingen, Romeyn werd door de Duitsers geëxecuteerd.
In de laatste fase van de oorlog nam de verspreiding van illegale lectuur snel toe. Bladen als Trouw, De Geus (een ondergrondse studentenkrant), het communistische De Waarheid, Je Maintiendrai en Christofoor vonden via illegale groepen de weg naar hun lezerspubliek.