Zo kwamen de krant De Gelderlander en de openbare bibliotheek in verzet tegen overname door de nazi's. De school De Klokkenberg weigerde om aan te geven hoeveel Joodse leerlingen de school telde – die waren er overigens niet). Ook wilde de Katholieke Universiteit haar studenten geen verklaring laten tekenen dat zij trouw waren aan de nazi's. Hierdoor moest de universiteit in 1943 sluiten en moesten veel studenten onderduiken.
Toen de maatregelen van de Duitsers steeds strenger werden, nam het verzet toe. In 1943 werd politiecommissaris Van Dijk, die de kant van de bezetter had gekozen, op klaarlichte dag doodgeschoten door verzetsstrijder Henk Romeyn. Onder Van Dijks leiding was in oktober en november 1942 vrijwel de hele Joodse gemeenschap opgepakt en weggevoerd naar concentratiekampen. Romeyn werd door de Duitsers geëxecuteerd. Naarmate de oorlog langer duurde ontstonden er verschillende verzetsgroepen en nam de verspreiding van illegale kranten snel toe.