In 1810 werd Gelderland in etappen geannexeerd door het Franse keizerrijk: het gebied bezuiden de Waal werd in maart officieel aangehecht, de rest volgde pas in juli. Een consequentie hiervan was dat de Waal de grens werd tussen twee nieuw gevormde departementen, in het zuiden dat van de Monden van de Rijn (‘des Bouches du Rhin’ vanaf 24 april 1810) met ’s-Hertogenbosch als hoofdstad, in het noorden dat van de Boven-IJssel (‘de l’Yssel-Supérieur’ vanaf 1 januari 1811) met Arnhem als hoofdstad. Beide departementen kenden eenzelfde indeling in arrondissementen, kantons en mairieën (gemeenten). De departementen werden geleid door de prefect, geassisteerd door de onderprefecten die de leiding hadden over de arrondissementen. Het laagste bestuursniveau, de mairie, werd geleid door de maire (burgemeester) geassisteerd door, afhankelijk van de grootte van de gemeente, één of meer ‘adjoints’ en geadviseerd door een de ‘conseil municipal’ (municipale raad of gemeenteraad). De maire was zelf geen lid van deze raad. De gemeentelijke functionarissen werden benoemd door de prefect, die zelf benoemd was door de keizer. Hadden de lokale besturen vóór de invoering van de Franse wetgeving in 1811 nog taken op het terrein van de rechtspraak, vanaf 1811 waren hun taken uitsluitend nog administratief. In feite werden zij vooral geacht wetten en bevelen van hogerhand uit te voeren.
Na het vertrek van de Fransen in 1814 werden er een aantal wijzigingen doorgevoerd in de organisatie van het gemeentelijk bestuur. De mairieën werden voortaan gemeenten en de maires burgemeesters genoemd. In gemeenten die vroeger vrije heerlijkheden waren, kreeg de heer het recht functionarissen voor benoeming voor te dragen. Uit het departement van de Boven-IJssel en stukken van het departement van de Monden van de Rijn werd de provincie Gelderland gevormd, met de Maas als zuidgrens. Hoofdstad van de provincie was Arnhem, waar de gouverneur, later aangeduid als commissaris van de koning(in), zetelde.
Voor de organisatie van het gemeentebestuur werden reglementen opgesteld, waarbij een scherp onderscheid werd gemaakt tussen stad en platteland. De stad Nijmegen ontving in 1816 en 1824 een koninklijk reglement, waarin het algemeen bestuur bij een gemeenteraad werd gelegd en het dagelijks bestuur bij een college samengesteld uit drie leden van de raad, vóór 1824 aangeduid als de burgemeesteren, na 1824 als de burgemeester en de wethouders. Deze bestuurders werden door de koning benoemd. Het gemeentebestuur van Nijmegen onderhield rechtstreeks contact met het bestuur van de provincie. Voor de plattelandsgemeenten (tussen 1818 en 1825 schoutambten genoemd) rondom Nijmegen trad per 1 januari 1818 een Gelders reglement in werking, in 1825 door een nieuw reglement vervangen. Deze reglementen voorzagen in een gemeenteraad en een college. Het college werd gevormd door de burgemeester (tussen 1818 en 1825 schout genoemd) en één of meer assessoren. De burgemeester werd door de koning benoemd, de gemeenteraad door de provinciale staten en de assessoren vóór 1825 door de provinciale staten en daarna door de gouverneur. De Gelderse plattelandsgemeenten onderhielden geen rechtstreeks contact met het provinciaal bestuur, maar deden dit via een bestuurlijke tussenlaag: zeventien hoofdschoutambten, die na 1825 geleidelijk werden vervangen door vijf districten.
De Grondwet van 1848 en de daarop gebaseerde Gemeentewet van 1851 maakten een einde aan de wettelijke verschillen tussen stad en platteland. Iedere gemeente kreeg drie bestuursorganen: de gemeenteraad, het college van Burgemeester en Wethouders en de burgemeester. Hiervan was de gemeenteraad het belangrijkste orgaan, waaraan alle bevoegdheden met betrekking tot de regeling en het bestuur van de huishouding van de gemeente toekwam die niet wettelijk aan één van de beide andere bestuursorganen waren opgedragen. De raadsleden werden voortaan direct gekozen door stembevoegde inwoners, de gemeenteraad koos uit zijn midden de wethouders en de burgemeester werd benoemd door de koning. Alle heerlijke rechten met betrekking tot voordracht van functionarissen vervielen en de districten werden, per 1 januari 1850, afgeschaft. Verder schreef de Gemeentewet iedere gemeente een gemeentesecretaris voor, de hoogste gemeentelijke ambtenaar, die als taak had de drie bestuursorganen te ondersteunen. Voor de bestuurlijke verhoudingen was de voornaamste ontwikkeling dat het kiesrecht gedurende de tweede helft van de negentiende eeuw voor een steeds grotere groep inwoners werd opengesteld, totdat in 1917 het algemeen kiesrecht voor mannen werd ingevoerd en in 1919 ook voor vrouwen.
In 1941, tijdens de Tweede Wereldoorlog, werd de Gemeentewet bij verordening van de rijkscommissaris voor het bezette Nederlandse gebied tijdelijk opgeschort; per 1 september van dat jaar werden alle gemeenteraden en colleges van burgemeester en wethouders ontbonden. Hun taken werden verenigd in de persoon van de burgemeester; de wethouders fungeerden daarbij als zijn medewerkers. De oude bestuurlijke verhoudingen werden pas in het najaar van 1945 hersteld.
Na de Tweede Wereldoorlog zette zich een tendens door waarin steeds meer taken van het plaatselijk bestuur op een intergemeentelijk niveau werden geregeld via gemeenschappelijke regelingen tussen (buur)gemeenten. Om het gemeentelijk bestuur efficiënter te maken drongen het Rijk en de provincie aan op het samengaan van gemeenten. In 1980 vond er een gemeentelijk herindeling plaats in het gebied ten zuiden van Nijmegen. Het gebied ten westen van Nijmegen volgde in 1984, dat ten noorden in 2000 en dat ten oosten in 2015.
In essentie handhaaft de Gemeentewet van 1851 zich tot op de dag van vandaag. In 1992 is weliswaar een nieuwe Gemeentewet opgesteld, die in 1994 is doorgevoerd, maar deze is nog grotendeels op de oude geënt. De belangrijkste wijziging vond plaats in 2002, met de doorvoering van de Dualiseringswet, die beoogde raad en college strikter van elkaar te scheiden, onder andere door de gemeentesecretaris te vervangen door een griffier ter ondersteuning van de raad en een secretaris ter ondersteuning van het college. De hoop was dat op deze manier het gemeentebestuur meer het aanzien kreeg van het landsbestuur met een controlerend parlement (de gemeenteraad) en een uitvoerend kabinet van ministers (het college van burgemeester en wethouders). Volledige dualisering werd overigens niet bereikt: zo is de burgemeester, volgens de Grondwet, de voorzitter van de gemeenteraad, hoewel hij geen raadslid mag zijn.
